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Literature-Based Discovery Network-Based Analysis

LBD Network Search Layout

Network Layout

1. Network Search
Network 를 검색하는 창으로, 구조 및 검색 옵션을 설정할 수 있다.
2. Network Viewer
Network 결과를 나타내주는 뷰어 화면으로 전환할 수 있다.
3. Structure search
구조를 그려서 검색에 활용한다. 저장된 구조를 불러올 수 있으며, SMILES 를 복사 후 붙여넣기로 구조를 불러올 수 있다.
4. Search option
검색에 대한 옵션을 지정할 수 있다.
· Chemical similarity : 구조의 유사성을 지정할 수 있으며 최대 1의 값을 가지는 경우 동일한 구조를 나타낸다. 최소 0.7 이상의 값을 입력해주어야 한다.
· Target Relative Network : 타겟 단백질에 대한 정보를 입력한다.
· Disease Relative Network : 타겟 질병에 대한 정보를 입력한다.

Structure search Result

Structure search

Network View
1. Node Colors
노드를 색상별로 나타낸 범례
2. Link colors
주어진 query 에 대하여 어떠한 연관성을 나타내는지에 대한 범례
3. Display
주어진 Query 에 대한 연관된 결과들을 나타내어준다.

Target Relative Network Result

Target Relative Network

Network View
Target 검색 시, 결과 Network. Target: HERG

Disease Relative Network Result

Neighbor Discovery

Network View
Disease 검색 시, 결과 Network. Disease: Breast cancer
Breast cancer 에 연관성이 있는 Thrombin 을 따라 추적하여 보면, Thrombin 의 3차원 구조를 얻을 수 있고, 화합물 database 에 입력된 화합물 구조도 얻을 수 있다.